FPDF: Proteger el documento con contraseña

require('fpdf/fpdf.php');
require('fpdf_protection.php');

$pdf = new FPDF_Protection();
// $pdf->SetProtection(array('print'));
$pdf->SetProtection(array(), "123", "");
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial');
$pdf->Write(10,'No vas a poder ni imprimir ni copiar ni nada, solo descargar.');
ob_end_clean();
$pdf->Output();

El ejemplo está en:
https://github.com/leandrosiegar/fpdf

FPDF: ejemplo

class PDF extends FPDF
{
    function Header() {
    }
}
$pdf = new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->Cell(40,10,'Hola mundo');
$pdf_doc = $pdf->Output("", "S");

// Si quisieramos que se descargara directamente:
$pdf->Output("factura.pdf", "D");
Parámetros que puede tener el Output:
I: Abre el PDF con el visor de PDF que tenga el navegador
D: Descarga el PDF con el nombre que le indiques
F: Lo salva a un fichero local con el nombre que le indiques (hay que especificar todo el path)
S: Retorna el documento como un string.