Node.js: Variables de entorno

npm i dotenv
Creamos el fichero .env en la raiz
PORT=3000
DB_HOST=localhost
DB_PORT=3306 # es el port para mysql
DB_USER=root
DB_PASSWORD=
DB_DATABASE=ejemplo
Creamos el fichero src/config.js
import {config} from "dotenv"
config()
export const PORT = process.env.PORT || 3000
export const DB_HOST = process.env.DB_HOST || localhost
export const DB_PORT = process.env.DB_PORT || 3306
export const DB_USER = process.env.DB_USER || root
export const DB_PASSWORD = process.env.DB_PASSWORD || ""
export const DB_DATABASE = process.env.DB_DATABASE || ejemplo
Y ahora ya en el fichero src/db.js:
import {createPool} from "mysql2/promise"
import {PORT,DB_HOST,DB_PORT,DB_USER,DB_PASSWORD,DB_DATABASE} from "./config.js"

export const pool = createPool({
   host: DB_HOST,
   user: DB_USER,
   password: DB_PASSWORD,
   port: DB_PORT,
   database: DB_DATABASE
})
Una forma más limpia y ordenada es no poner todo el código en index.js sino crear un fichero src/app.js donde meter todas las inicializaciones del index, y en el index dejar solo:
import app from "./app.js"
import {PORT} from "./config.js"
app.listen(PORT)
console.log("server funcionando en: "+PORT)