Node.js: Crear nuestro proyecto desde cero con su propio package.js

Creamos una carpeta nuevo y dentro de ella:
npm init Rellenamos todos los datos que nos piden (será luego lo que se ponga en el package.js)

Una vez creado es muy importante poner en el package.js en el "scripts" la ruta de los ficheros que se quieran ejecutar (es como un atajo):
"scripts":{
   "start": "node pepeluis.js"
}
Y luego ya ejecutar simplemente:
npm run start

Los comandos se pueden llamar como quieras (no tiene pq ser start), por ejemplo:
"scripts":{
   "start": "node pepeluis.js",
   "loquesea": "node src/loquesea.js",
}